虫歯が起こる理由は、口の中にいるミュータンス菌などの虫歯菌によって起こされますが、このミュータンス菌は食事の糖分がエサとなります。
ミュータンス菌は糖分をエサに酸を出し、この酸が虫歯となるわけです。一方で唾液は溶かされた歯を再石灰化する作用があります。虫歯予防のポイントは口の中の糖分を増やさない事と唾液が盛んに分泌することです。
このようなことから虫歯は食事が大きく影響しています。このため農耕が始まると安定して食べ物、特に穀物など炭水化物を多く食べるようになると増大します。それでも質の悪い穀物である間はよく噛んで食べなければいけませんから、唾液も分泌されるのでその数は現代ほど多くありません。
現代のように砂糖が多く流通し、柔らかい食べ物が増えたことが原因なんですね。